Etroitement lié au nom de Genève, ce musée présente le sujet universel de l’action humanitaire. L'exposition permanente est organisée en trois espaces thématiques conçus par des architectes d’horizons culturels différents :
Défendre la dignité humaine (Gringo Cardia, Brésil), Reconstruire le lien familial (Diébédo Francis Kéré, Burkina Faso), Refuser la fatalité où l’on aborde la prévention (Shigeru Ban, Japon). Ils sont coordonnés par l’Atelier Oï (Suisse),également créateur des espaces communs.
Dans chacun des thèmes, le visiteur passe d’abord par une phase de sensibilisation, au cours de laquelle il vit une forte expérience émotionnelle. Puis une deuxième étape lui offre l’information ainsi qu’un éclairage historique rappelant que la Croix-Rouge est la plus vaste et la plus ancienne organisation humanitaire au monde.
Enfin, dans une salle intitulée «Focus d’actualité », les dernières nouvelles du terrain sont présentées autour d’un grand globe terrestre interactif.